Il micro toponimo deriva dal fatto che le frequenti alluvioni rendevano questo rilievo un’isola e da qui l’associazione con l’isoletta nel lago Prile (così era chiamata anticamente una grande laguna distesa tra Castiglione della Pescaia e Grosseto, che a seguito delle bonifiche ha dato origine al Padule della Diaccia Botrona) sulla quale Publio Clodio Fulcro avrebbe costruito la sua villa intorno alla metà del I secolo a.C., di cui manca però una testimonianza archeologica.
La chiesa di S. Pancrazio, ubicata qui, probabilmente era più a nord, mentre quello che adesso possiamo vedere sul luogo, è la sua riedificazione del XII secolo, in stile romanico con rifacimenti posteriori.
Sulle sponde del lago, nei pressi dell’Isola Clodia, esistevano fino al 1400 un approdo ed estese saline.
Oggi l’Isola Clodia è un eccellente punto di osservazione dell’avifauna presente nella Diaccia Botrona.