La prima menzione di un casale Iuniano di proprietà dell’abbazia di S. Salvatore al Monte Amiata è del IX secolo, mentre un monastero benedettino dedicato a San Salvatore viene citato nel 1076. Nella prima metà del secolo successivo l’abbazia vantava notevoli possedimenti nella zona.
Ad essa doveva appartenere anche il vicino molino di Giugnano che conserva ancora qualche struttura medievale e tutto l’impianto molitorio originale.
L’ abbazia non è però più presente negli elenchi delle decime della fine del duecento poiché era già stata abbandonata.

Del complesso monastico di notevole estensione, oggi la cripta è la parte meglio conservata, anche se si notano tracce piuttosto consistenti delle murature realizzate con la tecnica tipica degli edifici romanici.
La cripta ha pianta rettangolare e abside semicircolare.
Le colonne sono quattro, due ottagonali in calcare, e due circolari in trachite che sorreggono le volte a crociera.
A breve distanza dal complesso monastico sono i ruderi di un altro edificio, forse una chiesa guglielmita che ha poi dato il nome al podere attuale.

Il nome deriva dal latino Junianus e potrebbe avere una relazione con la presenza di beni pubblici in età romana, giustificabile dal fatto che boschi e aree minerarie erano sempre di proprietà statale.
In particolare nei pressi di Giugnano erano miniere di rame argentifero.